"Recuerda, cuando tenías alas." En respuesta a un deseo de hace 12,000 años, un corazón roto se conecta. ¡Cuando el sol, la luna y Marte se encuentran, una nueva melodía de fusión fluye! Enoshima es una pequeña isla flotando en el mar de Shonan. En su hermosa y tranquila playa, se encuentra la "Academia Privada Enoshima." La escuela reúne a niños talentosos de todo el país y les ofrece una educación especializada usando el equipo más avanzado. Sakko, Rimiya y Toshi, quienes han sido seleccionados como estudiantes de la clase especial de refuerzo llamada "Elementos," son ordenados a pilotar el "Vector Machine," un avión de combate impulsado por el poder de las emociones, y se ven obligados a luchar contra el misterioso arma invasora conocida como "Bestias Míticas." En medio de la batalla, guiado por una visión misteriosa, Sakko grita... "¡Fusión Planetaria! ¡Adelante, Aquarion!" Al final de sucesivas reencarnaciones, aparece el ala mecánica celestial Aquarion. Los chicos y chicas, cargando con sus destinos, se enfrentarán cara a cara con la verdad del universo mientras los designios de la misteriosa organización Sociedad del Huevo Espacial y las intenciones de los adultos se entrelazan... Esta es una gran epopeya de amor tejida con los propios sentimientos y la supervivencia del universo en juego.