La humanidad ha sido empujada al borde de la extinción a raíz de la aparición de monstruos devoradores de hombres llamado "Aragami" que cuentan con una inmunidad a las armas convencionales. Se destruyó la tierra, consumiendo casi todo a su paso y dejando nada a su paso. Para combatirlos, una organización llamada Fenrir se formó como un último esfuerzo para salvar a la humanidad a través del uso de "God Eater" seres humanos -Especiales infundidos con células de Oracle, lo que les permite manejar el arco Dios, la única arma conocida capaz de matar un Aragami. Uno de estos God Eater es Lenka Utsugi, un nuevo tipo de arco cuyo Dios toma la forma de hoja y tanto la pistola. Ahora, como una de las mejores armas de Fenrir, Lenka debe dominar su arco Dios si es que quiere cumplir su deseo de acabar con la Aragami una vez por todas. Los monstruos siguen naciendo en masa, mientras que los restos de la lucha de la humanidad para sobrevivir a la noche. Sólo Dios comedores de interponerse entre el Aragami y la aniquilación completa y total de la raza humana.